Tiếp nối thành công của mùa trước, “Em gái tôi không thể nào dễ thương đến vậy” trở lại với mùa thứ hai đầy thú vị và đầy thử thách. Otaku Kirino Kousaka đã ổn định cuộc sống ở Nhật Bản cùng với gia đình và bạn bè. Tuy nhiên, mối quan hệ với anh trai Kyousuke vẫn còn nhiều khúc mắc. Bất chấp những hành động trước đây của anh, Kirino giữ một khoảng cách lạnh lùng với Kyousuke, khiến anh vô cùng băn khoăn. Thêm vào đó, việc Kyousuke thuyết phục Kirino từ bỏ khóa huấn luyện điền kinh ở Mỹ và quay về cũng tạo ra nhiều áp lực cho mối quan hệ của họ. Mùa hai càng thêm phức tạp khi Kyousuke phải giải mã một thông điệp đầy ẩn ý từ Ruri “Kuroneko” Gokou – bạn học cấp ba từng của anh và cũng là bạn thân của Kirino. Điều này càng khiến cho mối quan hệ giữa anh em và bạn bè trở nên rối ren hơn.

Trong làn sóng tình cảm và khó khăn, “Em gái tôi không thể nào dễ thương đến vậy” mùa hai xoay quanh việc Kirino và Kyousuke phải bày tỏ cảm xúc và đối phó với những mối quan hệ phức tạp này. Sóng gió của tình bạn, tình anh em và sự tìm kiếm tự do sẽ được hé lộ một cách chân thực và đầy cảm động. Dù vậy, Kirino vẫn trung thành với niềm đam mê Otaku của mình, cùng anh trai đảm nhận công việc tại công ty gia đình. Mùa hai hứa hẹn sẽ là cuộc hành trình đầy cảm xúc và hài hước, đưa người xem hiểu sâu hơn về những thay đổi trong lối sống và mối quan hệ của các nhân vật.